原因
１．先天的に染色体異常。
甲状腺や副腎、自己免疫性疾患（甲状腺機能亢進症、アジソン病、重症筋無力症など）。とくに、自己免疫性疾患と早期卵巣不全との合併がよくみられることから、早期卵巣不全が卵巣に対する自己免疫性疾患である可能性が考えられています。
２．卵巣や卵巣の周囲の手術、放射線や抗がん薬の化学療法。
３．喫煙。嗜好品と卵巣機能の低下との間にも関連性が考えられており、とくに喫煙によって卵巣機能の低下が起こるとされています。
４．視床下部、下垂体の機能異常。
卵巣機能は、間脳視床下部（かんのうししょうかぶ）、脳下垂体（のうかすいたい）という性機能を司る脳の中枢によって調節されています。これらの中枢が、性周期の適切な時期に適切なホルモンを分泌することにより、卵巣における排卵やホルモン分泌が正しく行われるわけです。したがって、視床下部、下垂体の機能異常があると、黄体機能不全となることがあります。また、中枢に異常がなくても卵巣自体の異常のために卵胞から黄体への移行が不完全になることもあります。このような機能異常がなぜ起こるかについては、明確なことはわかっていません。糖尿病などの全身性の病気や喫煙などの嗜好品、精神的ストレスによって卵巣機能不全となり、黄体機能不全の症状を示すこともあります。